En el 2001 el Hospital Universitario San Jorge es invitado a participar como una de las instituciones líderes, por su buen desempeño asistencial y financiero entre las empresas de salud para definir los parámetros de calidad para la Acreditación de Salud en Colombia.

En el 2003 se tramita y consigue recursos para actualizar el equipamiento de la UCI Recién Nacidos.

A finales del 2004 e inicios del 2005, se hace reestructuración del personal del Hospital Universitario San Jorge.

En el 2005 se realiza reequipamiento de la UCI Adultos.

En el 2006, se efectúa la remodelación de los servicios de Hospitalización de Medicina Interna y  Quirófanos y, fue iniciada en Gineco obstetricia y recién Nacidos, en este año fue aprobada la construcción del nuevo bloque de Urgencias.

EL 20 de Diciembre de 2007 se inaugura la nueva Central de Urgencias, la cual cumple con los más altos estándares de calidad y fue dotada con equipos de última tecnología.

Durante los días 29 al 31 de enero del 2008, se realizó inspección por la Superintendencia Nacional de Salud, dando reconocimiento a la gestión realizada por la E.S.E Hospital Universitario San Jorge, sobre el desarrollo del Sistema Obligatorio de Garantía de Calidad.

Desde el mes de marzo del 2008, se instauró el SIAU, como pilar fundamental del Sistema de Calidad.

Mediante resolución No. 0558 de julio de 2008, se oficializó el nuevo logo-símbolo que identifica a nuestra Institución.  Para su creación, se realizó  una convocatoria interna, siendo elegida la propuesta “el abrazo” de la Prof. Marisol Rodríguez M.

El 30 de octubre a fin de conmemorar los 30 años de haber sido certificado  el hospital como UNIVERSITARIO, se realizó un evento denominado UNIVERSALUD, en el que participaron  importantes conferencistas a nivel nacional y departamental, además se desarrolló un Exposervicio, al cual  se integraron funcionarios de la entidad y estudiantes de los convenios docencia – servicio.

En el mes de octubre de 2008,  la Institución fue seleccionada por el Ministerio de Protección Social entre las 100 IPS públicas a nivel nacional  para ser asesoradas en el desarrollo del proceso de acreditación, cuyo paso inicial (autoevaluación), fue realizado en el mes de noviembre por los equipos internos líderes de calidad.

En el mes de junio de 2009, fueron seleccionados con participación de usuarios, empleados, familiares, estudiantes y proveedores,  la imagen y el slogan que representan el compromiso institucional con el proceso de Acreditación y el mejoramiento de los servicios.

Con actos protocolarios, en los que participaron importantes personalidades como el Gobernador de Risaralda y el Secretario de Salud Departamental, en el mes de noviembre se dio  apertura al nuevo pallebón de Intermedios, el cual requirió una inversión de $210.000.000 y el Rinconcito de la Lactancia Materna, el cual se acondicionó y dotó con material audiovisual, garantizando con ambas inversiones, sitios más cálidos, humanos y confortables a nuestros usuarios.

En el año 2010 se remodela las salas de quemados, quirófanos, neonatos y pediatría en cumplimiento a la certificación de habilitación en servicios de salud.

En abril del año 2013, se entregó la Unidad de Cuidados Intermedios Pediátricos, obra ejecutada con recursos propios. Con 7 cubículos independientes, dotados con equipos del alta tecnología.

En este mismo año se realizó la adecuación del espacio para el Área Administrativa, en donde se recuperó un área aproximada de 2 mil metros cuadrados, espacio que estaba subutilizado y adecuado con recursos propios de la Institución.

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Dentro del programa Gerencial propuesto para la vigencia 2012-2015, se dio inicio a una serie de transformaciones tanto en remodelación física como tecnológica, la cual inicio con la construcción de la Nueva Unidad de Cuidados Intensivos e Intermedios Adultos.